Laboratorium Medycyny Regeneracyjnej

Kierownik

PROF. DR HAB. N. MED. MARIUSZ Z. RATAJCZAK

Laboratorium Medycyny Regeneracyjnej

zajmuje się opracowaniem metod optymalizacji izolacji, namnażania i wykorzystania w praktyce klinicznej wczesnych rozwojowo komórek macierzystych izolowanych z dorosłych tkanek (jako komórek odtwarzających uszkodzone tkanki), przy jednoczesnym opracowaniu protokołów wykorzystujących efekty parakrynne komórek macierzystych w praktyce klinicznej. Zespół Zakładu Medycyny Regeneracyjnej WUM jest autorem zarówno odkrycia wczesnych rozwojowo komórek w dorosłych tkankach opisanych jako małe komórki przypominające komórki embrionalne (ang. very small embryonic-like stem cells, VSELs) oraz opisania efektów parakrynnych komórek stosowanych w medycynie regeneracyjnej poprzez uwalnianie z komórek macierzystych tzw. mikropęcherzyków błonowych (ang. Extracellular microvesciles; ExMVs). W obydwu przypadkach jako odkrywcy zarówno komórek VSELs jak efektu regeneracyjnego ExMVs mają dostęp do odpowiednich wniosków patentowych. Zakład Medycyny Regeneracyjnej Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego dysponuje nowoczesną aparaturą w ramach pracowni izolacji komórek, wizualizacji, biologii molekularnej, genomicznej oraz pracowni proteomicznej.

Działalność badawcza

Pracownicy Zakładu Medycyny Regeneracyjnej są zaangażowani w realizację projektów naukowych oraz badawczo – wdrożeniowych, między innymi dotyczących:

  • sygnałowania purynergicznego w układzie krwiotwórczym
  • opracowania nowych strategii przyśpieszających procesy wszczepiania się krwiotwórczych komórek macierzystych
  • oceny wpływu działania kinazy sfingozyny typu 1oraz 2 na farmakologiczną mobilizację krwiotwórczych komórek macierzystych /progenitorowych
  • procesów starzenia a multipotencjalności komórek macierzystych dorosłych tkanek
  • charakterystyki profilu ekspresji miRNA raka płuc, z wykorzystaniem sekwencjonowania NGS
  • roli hormonów przysadkowych w patogenezie i progresji nowotworu płuc
  • oceny fizjologicznej zdolności proliferacji i samo odnawiania pneumocytów II rzędu oraz oskrzelowo-pęcherzykowych komórek macierzystych powstałych w odpowiedzi na uszkodzenie płuc


Projekty badawcze

  • Rola sygnałowania purynergicznego w układzie krwiotwórczym – kierownik projektu badawczego prof dr hab. Mariusz Z.Ratajczak
  • Ocena fizjologicznej zdolności proliferacji i samo odnawiania pneumocytów II rzęu oraz oskrzelowo-pęchetrzykowych komórek macierzystych powstałych w odpowiedzi na uszkodzenie płuc – działanie naukowe dr Andrzej Ciechanowicz
  • Opracowanie nowych strategii przyśpieszających procesy wszczepiania się krwiotwórczych komórek macierzystych – kierownik projektu badawczego prof dr hab. Mariusz Z.Ratajczak
  • Ocena wpływu działania kinazy sfingozyny typu 1oraz 2 na farmakologiczną mobilizację krwiotwórczych komórek macierzystych /progenitorowych – kierownik projektu badawczego mgr Mateusz Adamiak
  • Rola hormonów przysadkowych w patogenezie i progresji nowotworu płuc – kierownik projektu badawczego dr hab. Magdalena Kucia
  • Procesy starzenia a multipotencjalność komórek macierzystych dorosłych tkanek – kierownik projektu badawczego prof dr hab. Mariusz Z.Ratajczak .
  • Charakterystyka profilu ekspresji miRNA raka płuc, z wykorzystaniem sekwenjonowania NGS – projekt badawczy „Młodzi Naukowcy” –mgr Monika Cymer

Usługi badawcze


  • oznaczenia fenotypowe populacji dojrzałych komórek pochodzących z krwi (ludzkiej, mysiej) oraz innych narządów (opcjonalnie)
  • oznaczenia fenotypowe populacji komórek macierzystych i progenitorowych (materiał ludzki i mysi)
  • oznaczenia fenotypowe komórek wywodzących się z ustalonych linii nowotworowych
  • oznaczenia liczby komórek w fazie podziału o zdefiniowanym fenotypie (BrdU)
  • analiza żywotności komórek (badanie apoptozy)
  • badanie cyklu komórkowego
  • sort różnych populacji komórek pochodzących z krwi o zdefiniowanym fenotypie
  • sort komórek linii nowotworowych o zdefiniowanym fenotypie
  • single-cell sort (sortowanie pojedynczej komórki)
  • izolacja DNA/RNA
  • klonowanie DNA
  • analizy PCR i real-time PCR
  • analiza ekspresji genów: miRNA mRNA, siRNA
  • genotypowanie
  • walidacja procesów
  • wykrywanie pozostałości DNA po bioprocesach
  • potwierdzanie autentyczności linii komórkowych
  • analiza SNP (Polimorfizm pojedynczego nukleotydu)
  • analiza CNV (Warianty liczby kopii, ang. Copy Number Variation)
  • usługi z zakresu projektowania starterów na potrzeby reakcji PCR, mutlipleks PCR, qPCR, HRM (High Resolution Melt), analizy STR (krótkie powtórzenia tandemowe, ang. short tandem repeats), VNTR (zmienna liczba powtórzeń tandemowych, ang. variable number of tandem repeats) i SNP (polimorfizm pojedynczego nukleotydu, ang. Single Nucleotide Polymorphism)
  • identyfikacja pojedynczych białek
  • identyfikacja zmian potranslacyjnych białek
  • identyfikacja całych profili białkowych (poszczególnych organelli komórkowych, komórek w tym bakterii i grzybów, tkanek - zarówno zwierzęcych jak i roślinnych, płynów ustrojowych, mediów hodowlanych itp.)
  • identyfikacja różnic w profilach białkowych pomiędzy różnymi próbami
  • identyfikacja profilu lipidowego organelli komórkowych, komórek, tkanek, płynów ustrojowych itp.)
  • identyfikacja różnic w lipidomie pomiędzy poszczególnymi próbami
  • oznaczanie pełnego metabolomu
  • oznaczanie ilościowe białek, lipidów, metabolitów substancji naturalnych lub leków, kwasów nukleinowych z dokładnością powyżej 1ppb
  • identyfikacja składu pierwiastkowego niezdefiniowanych wcześniej substancji
  • oznaczanie kanabinoidów i innych substancji niedozwolonych (po uzyskaniu odpowiednich certyfikatów i zezwoleń)
  • oznaczanie zawartości różnych zanieczyszczeń w wodzie oraz substancjach półstałych i stałych komercyjnie dostępnych
  • kontrola jakości składu produktów spożywczych (np. dla urzędów nadzorujących bezpieczeństwo żywności)
  • kontrola składu (jakości) substancji chemicznych - proszki do prania, płyny do zmywania itp.
  • sekwencjonowanie mRNA (mRNA-Seq)
  • sekwencjonowanie wielu egzomów
  • sekwencjonowanie całego genomu
  • kodowanie analizy transkrypcyjnej
  • sekwencjonowanie trakryptomów
  • sekwencjonowanie de novo, tj. szybkie i precyzyjne oznaczenie gatunków bez genomu referencyjnego
  • metylacja DNA
  • sekwencjonowanie Chip-Seq
  • sekwencjonowanie małych RNA (microRNA, siRNA, piRNA i rRNA)
  • profilowanie rybosomów
  • sekwencjonowanie regionów zmiennych mikroorganizmów (metagenomika)
  • mikromacierze cytogenetyczne
  • genotypowanie poprzez sekwencjonowanie
  • sekwencjonowanie wybranych fragmentów genomów i amplikonów
  • resekwencjonowanie wybranych fragmentów genomu
  • sekwencjonowanie małych genomów (bakterie, drożdże, wirusy)
  • sekwencjonowanie małych niekodujących RNA (np. miRNA); small RNA-Seq umożliwia odkrycie nowych miRNA i innych małych niekodujących RNA, analizę różnic ekspresji wszystkich małych RNA w badanej próbce
  • profilowanie ekspresji genów (RNA-Seq)
  • profilowanie nowotworów
  • identyfikacja mutacji germinalnych
  • badania związane z różnicowaniem komórek
  • pomiary indywidualnych reakcji komórek na konkretne bodźce
  • ocena biomarkerów chorób
  • walidacja metody RNAi
  • przygotowanie bibliotek miRNA
  • przygotowanie bibliotek cDNA przeznaczonych do Real-Time PCR
  • immunofluorescencyjne barwienie preparatów komórek oraz tkanek
  • barwienie preparatów komórek oraz tkanek standardową techniką H&E
  • wykonanie wysokiej jakości zdjęć wybarwionych preparatów umożliwiających analizę jakościową oraz ilościową
  • wykonanie obrazowania w czasie rzeczywistym hodowli komórkowej (wybarwionych barwnikami fluorescencyjnymi i/lub emitujących sygnał endogenny)

Zespół Badawczy

PROF. DR HAB. N. MED. MARIUSZ Z. RATAJCZAK
prof. dr hab. n. med. Mariusz Z. Ratajczak
Kierownik


mariusz.ratajczak@wum.edu.pl
22 116 61 05

Prof. Mariusz Z. Ratajczak został wielokrotnie wyróżniony za badania nad mobilizacją komórek macierzystych układu krwiotwórczego. W 2006 roku zespół prof. Ratajczaka ogłosił odkrycie w szpiku kostnym myszy, a rok później we krwi pępowinowej człowieka komórek o cechach embrionalnych komórek macierzystych (ang. very small embryonic-like stem cell, VSEL). Kolejne badania wykazały również obecność komórek VSEL w płucach, nerkach, mózgu, trzustce i mięśniach dorosłej myszy. Komórki takie wyizolowano pokazując ich morfologię

oraz ekspresję genów typową dla wczesnych komórek epiblastu i migrujących wczesnych komórek zarodkowych. Zespół Prof. Ratajczaka wyjaśnił mechanizm utrzymujący stan spoczynkowy komórek VSEL w tkankach poprzez modyfikację epigenetyczną ekspresji genów podlegających naznaczeniu genomowemu. Ponadto, odkrył zjawiska przekazu sygnału między komórkami poprzez horyzontalny transfer RNA oraz białek przy udziale mikropęcherzyków. Wykazał udział bioaktywnych lipidów i nukleotydów zewnątrzkomórkowych w procesach mobilizacji krwiotwórczych komórek macierzystych oraz udział białek układu dopełniacza w procesach mobilizacji i wszczepiania krwiotwórczych komórek macierzystych. Profesor Mariusz Z. Ratajczak jest autorem ponad 780 prac naukowych oraz inwentorem 4 przyznanych patentów.

Członkowie zespołu

dr hab. n. med. Magdalena Kucia
Zastępca Kierownika

22 116 61 05
magdalena.kucia@wum.edu.pl
dr hab. n. med. Magdalena Kucia Adiunkt Zakładu Medycyny Regeneracyjnej
22 116 61 05
magdalena.kucia@wum.edu.pl
dr Andrzej Ciechanowicz
Adiunkt Zakładu Medycyny Regeneracyjnej

22 116 61 09
andrzej.ciechanowicz@wum.edu.pl
dr Daniel Pędziwiatr
Asysten naukowy

22 116 61 09
daniel.pedziwiatr@wum.edu.pl
dr Anna Magdalena Lenkiewicz
Asysten naukowy

22 116 61 09
anna.lenkiewicz@wum.edu.pl
dr Mateusz Adamiak
Asysten naukowy

22 116 61 09
mateusz.adamiak@wum.edu.pl
mgr Monika Cymer
Doktorant

22 116 61 09
monika.cymer@wum.edu.pl
mgr Jakub Hawryluk
Doktorant

22 116 61 09
jakub.hawryluk@wum.edu.pl
Sekretariat Zakładu Medycyny Regeneracyjnej
sam. referent Monika Kucharska

22 116 61 05
monika.kucharska@wum.edu.pl

Galeria